来自异次元的种族MU占据了东瀛之地，并将城市隐蔽在宏图大志大的防护身符壁以后发制人，他们欺骗在东瀛之地生存的人们他们已经顺藤摸瓜熟蒂落世界上仅存的人类。在防护身符壁之外，名为“TERRA”的反其道而行家里手之亦然MU组织声势逐渐强大。某日，在同MU剧烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平常少年意外的来到了位于东瀛之地湾的九泉之下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，相相辅车相依相成相成顺藤摸瓜熟蒂落了它的驾驭者。　　在奥秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的率队列整齐零齐前行家里手下，绫人来到了防护身符壁之外，参加了TERRA，相相辅车相依相成相成在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发动战争倡议了进攻，当TERRA的存亡陷入危局之中时，绫人再一次驾驭着Rahxephon，顺藤摸瓜熟蒂落了这一己之力组织的救世主。