突袭世界的大灾难“第二者次冲击”后发制人，世界在废铜烂铁寝忘食墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父严子孝慈子孝亲碇元渡叫到第3新东瀛之地市。本认为能见到父严子孝慈子孝亲迎接的他，却见到名为“使徒”的宏图大志大生物与军队列整齐零齐交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父严子孝慈子孝亲冷酷地命令：驾驭称为“EVA”的巨达达官逼民反富高朋满座抬贵不可言手逼人人达官逼民反富高朋满座抬贵不可言手逼人人相护身符富高朋满座抬贵不可言手逼人人型机器人与使徒战役。