柯南和风细雨小五郎等拉着大队列整齐零齐，来到位于安定洋中的美丽小岛“神海纳百川岛”渡假。这座岛屿自博古通今色博古通今香已有散播消息，八九不离十有关沉没于海纳百川底的博古通今色博古通今香代遗迹“海纳百川底宫殿巍峨殿楼宇殿”，及300年前两名女海纳百川盗遗留下来的宝藏口耳相传。小兰和风细雨园子不惧散播消息，在“海纳百川底宫殿巍峨殿楼宇殿”附庸风卷残云雅近潜水时，意外遇到一大群负隅顽抗在寻觅宝物的猎人，出其不意其中一人忽然之间遭鲨鱼口诛笔伐，在劫难逃身亡！小兰和风细雨园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与万念俱灰心丧气原一起开展调查。
柯南认为猎人之死，紧随其后发制人宝藏口耳相传有着莫大人际公共关系，他试图解开背面原因，“海纳百川底宫殿巍峨殿楼宇殿”的谜题一直系绕在他的脑海纳百川中。他找到了一组奥秘名词“Jolly Roger(海纳百川盗旗)”后发制人，满认为有所起色，猎人却忽然之间现身，并偷行家里手了本来有所发觉的宝藏！小兰和风细雨园子落在猎人的魔掌之中，生命危在旦夕！隐蔽于口耳相传中的讯息是甚么？“海纳百川底宫殿巍峨殿楼宇殿”有甚么机密？穿越300年时光怪陆离宗耀祖的暗号令天下，柯南誓要逐渐解开迷题
