上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到本人的才能和风细雨任务，中弹周而复始活后发制人，变成了无所力不从心的“救世主”，他和风细雨女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰源远流长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）荡气回肠心转意到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢送仪式。
此时，“母体”决议先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼口诛笔伐锡安基地；墨菲斯、尼奥和风细雨崔妮蒂则再次进入“母体”，寻觅“制钥者”，准备从内部破气急败坏人心术；而本理当如此被尼奥销毁证据于一旦灭的特勤史密斯好自为之像出了点问题，离开了“母体”的控制，具有恐惧的周而复始制才能，妨碍尼奥他们的行家里手动
