2031年，因维人（Invid）抵达饱经磨难的地球，宣布他们对史前能量拥有占有权。那个强大而善战的外星种族武装力量对地球守备军发起了摧枯拉朽般的攻势，在消灭了一切抵抗力量后，占据了地球。 得到消息的瑞克·卡特命令远征军（Robotech Expeditionary Force）舰队回航，因此庞大的船团开始转向。在主力舰队到达之前，已有数批先遣队抢先对因维人发动了攻击，然而等待他们的却只有恐惧和毁灭，因维军队轻而易举就使先遣队全军覆没。 占据地球的因维人几乎已到达进化的顶点。他们能够依照环境的需要，随意改变自己的形象和躯体组成，甚至能够凭借自身的意志，将躯体在物质态和能量态间自由转化。但具有讽刺意味的是，他们对史前能量的依靠性是最强的，表面上强大的适应能力被这致命的弱点牢牢束缚着，而拥有生命之花、作为“宇宙中已知最后一块史前能量聚拢地”的地球，也就自然而然成为了它们的目标。 现在的人类尽管早已进入了星际殖民时代，但不管是在外星殖民地，依旧遥远空间中行进的船团里，所有的人都把地球当做是他们的故乡。在他们的心目中，地球差不多成为了一块圣地，是人类文明的象征。一方是为了夺回精神寄予，另一方则誓死要守卫最后的生存空间。因此在太阳系第三行星上，又一次发生了两个文明之间的激烈碰撞。 远征军先遣队的幸存者之一斯科特·博纳德在军队全灭的无望中遇到了其他5名地球上的自由抵抗者。危难中他们团结一心，组成了活跃在敌人后方的游击队，在远征军对敌作战的同时与外星武装进行长年周旋。 漫长的战斗岁月里，游击小队先后遇到了两位以人类形式出现的因维族女性。斯科特与爱丽尔、兰瑟与希拉的爱情使因维女王瑞吉斯深感人类情感与文明对她族人的威胁，而日益枯竭的史前能量以及陆续回航的远征军，都使她感到地球不再是适宜种族进化的久留之地。 第三次宇宙大战的结局，再次以人类的胜利而告终，因维人在瑞吉斯的带领下，向茫茫宇宙的深处飞去，少数人则留下来，积极地融入了人类社会中。人类与外星人成功的结合再次证实了贯穿系列的主题：“爱能战胜一切”。 千千万万的幸存者从废墟中站起来，重新建筑新的家园。太空堡垒时代的历史到此告一段落。也许在今后的生活里，人类还将面临更大的挑战，也许终有一天，人类文明也会步向终结，但只要还有漂亮的歌声，只要还有爱，那个宇宙就永久可不能寂寞。 在移民船团回航的途中，暗影堡垒III号(Shadow Dimensional Fortress Three)失踪了，没人明白它去向了茫茫宇宙的哪一个角落……
